2005-06 sezonunda, artık Süper Lig adını alan 1. Futbol Ligi'nde başarısız bir sezon geçiren kulüp ligi 17. tamamlamış ve on üç sezon sonra küme düşmüştür.
2005-06 sezonunda, artık Süper Lig adını alan 1. Futbol Ligi'nde başarısız bir sezon geçiren kulüp ligi 17. tamamlamış ve on üç sezon sonra küme düşmüştür.
Gençlik ve Spor Bakanımız Sayın Akif Çağatay KILIÇ yaptığı konuşmasında,''20 Ocak 1989 tarihinde meydana gelen Samsunspor'un trafik kazası tüm spor camiasını derinden üzmüştür. Kazada hayatını kaybedenlerin Rabbim mekanlarını cennet etsin. Bunlar hiçbir zaman unutulmayacak.
20 Ocak 1989 tarihinde Malatyaspor deplasmanına giden Samsunspor Futbol Takımı Havza yakınlarında trafik kazası geçirdi.
76. dakikada ev sahibi takımın atağında Ntcham'ın ceza sahası dışından sert şutunda, top kaleci Ali Şaşal Vural'dan döndü. Samsunspor, karşılaşmadan 1-0 galip ayrıldı. Sivasspor, bu sonuçla Adana Demirspor ve Atakaş Hatayspor'un ardından ligden düşen üçüncü takım oldu.
27 sezon mücadele ettiği 1. Lig'i ise yedi kez ilk sırada bitirmiş olup ligin en fazla şampiyonluk yaşayan takımı olmuş, yedi kez yükseldiği Süper Lig'den yedi kez düşerek bu alanda rekor kırmıştır.
Lig, 14 Ağustos 2010'da başlamış ve 22 Mayıs 2011'de sona ermiştir. Sezon bittikten sonra Temmuz 2011'de, bu sezon ile ilgili şike yapıldığı iddiasıyla dava açılmıştır. Şike davası nedeniyle Türkiye Futbol Federasyonu, sezonu şampiyon kapatan Fenerbahçe'yi UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılmaktan men etmiştir.
Liverpool ve Portekiz Milli Takımı'nın yıldız futbolcusu Diogo Jota, 3 Temmuz 2025'te İspanya'da geçirdiği trafik kazası sonucu hayatını kaybetti. İspanya'nın Zamora bölgesinde, A-52 otoyolunda meydana gelen kazada Jota'nın kullandığı Lamborghini marka araç, sollama sırasında lastik patlaması yaşadı.
Kulübün Haziran 2018 itibarıyla ₺55,5 milyon borcu bulunmaktayken, bu borçlar, Ağustos 2018'de kulüpten ayrı bir yapı hâlini alarak futbol branşını temsil eden şirkete aktarılmıştır ve günümüzde kulübün borcu bulunmamaktadır.
Futbol Ligi, Türkiye 1. Futbol Ligi'nin 31. sezonudur. 20 Ağustos 1988'de oynanan ilk hafta maçlarıyla başlayan lig, 11 Haziran 1989'da oynanan 30. hafta maçlarıyla tamamlandı.Sezon sonunda 93 puan toplayan Fenerbahçe şampiyon olurken, Eskişehirspor, Rizespor ve Kahramanmaraşspor küme düştüler.
Sezonun ikinci devresinde Malatyaspor deplasmanına giden Samsunspor futbol takımının bulunduğu otobüs Havza ilçesinde kamyon ile çarpışmış, kazada teknik direktör Nuri Asan, futbolcular Mete Adanır, Muzaffer Badalıoğlu ve Zoran Tomic ile otobüs şoförü Asım Özkan yaşamını yitirmişti.